शान के परिवार के कई सदस्य संगीत की दुनिया से जुड़े रहे। शान के दादा जाहर मुखर्जी गीतकार थे। उनके पिता मानस मुखर्जी संगीतकार थे। शान की बहन सागारिका भी एक गायिका हैं। शान जब 13 साल के थे तब उनके पिता का निधन हो गया था। पिता की मौत के बाद शान की मां संगीत की दुनिया से जुड़ गईं, इससे उनके घर का खर्चा भी निकलने लगा।
